Kementerian Pendidikan Nasional
Gerakan Indonesia Mengajar didukung penuh oleh Kementerian Pendidikan Nasional. Kemendiknas memberikan dukungan, misalnya dengan memfasilitasi komunikasi dengan para pemangku kebijakan di kabupaten yang membutuhkan guru dan juga memberikan berbagai data yang dibutuhkan seperti daerah atau SD yang kekurangan guru. Menteri Pendidikan Nasional, Prof. Moh. Nuh yang hadir pada saat acara syukuran Indonesia Mengajar pada tanggal 20 Oktober 2010 menyatakan bahwa gerakan ini merupakan inisiatif positif yang sinergis dengan usaha Kemendiknas untuk melayani SD-SD di pelosok Indonesia.
Pemerintah Daerah
Untuk pemilihan daerah penempatan Pengajar Muda, Indonesia Mengajar bekerjasama dengan Bupati, selaku pemegang kekuasaan tertinggi di Pemerintah Daerah, dan Kepala Dinas Pendidikan. Selain itu, beberapa instansi lain juga ikut berpartisipasi dalam membantu gerakan ini. Sampai saat ini, sudah banyak Pemerintah Daerah yang bekerjasama dengan Indonesia Mengajar, yaitu:
Pemerintah Daerah Kab. Aceh Utara
Pemerintah Daerah Kab. Bengkalis
Pemerintah Daerah Kab. Tulang Bawang Barat
Pemerintah Daerah Kab. Lebak
Pemerintah Daerah Kab. Kapuas Hulu
Pemerintah Daerah Kab. Gresik
Pemerintah Daerah Kab. Paser
Pemerintah Daerah Kab. Majene
Pemerintah Daerah Kab. Bima
Pemerintah Daerah Kab. Rote Ndao
Pemerintah Daerah Kab. Sangihe
Pemerintah Daerah Kab. Halmahera Selatan
Pemerintah Daerah Kab. Maluku Tenggara Barat
Pemerintah Daerah Kab. Fakfak